أصبح الزفزافي زعيماً لحراك الريف، وهي حركة تطالب بمزيد من الحقوق الاجتماعية والاقتصادية، خلال الاحتجاجات السلمية التي أعقبت وفاة محسن فكري في أكتوبر 2016. وكانت هذه أكبر موجات الاحتجاجات في المغرب منذ عام 2011 وكانت على وجه الخصوص تنشط في منطقة الريف. وكزعيم للحركة، احتج الزفزافي على تهميش منطقة الريف. في 26 مايو 2017، قطع الزفزافي خطبة الجمعة في مسجد محمد الخامس بالحسيمة بعد أن انتقد الإمام الاحتجاجات التي تشهدها منطقة الريف. وأثناء مقاطعته، اتهم الزفزافي الإمام بالعمل كمتحدث باسم السلطات والتلاعب بالدين من أجل ثني السكان عن الانضمام إلى الحراك.

وبعد ثلاثة أيام، في 29 مايو، قام عشرات من عناصر الشرطة التابعة للفرقة الوطنية للشرطة القضائية بخلع باب المنزل الذي كان يقيم فيه الزفزافي ومسلحان آخران في الحرش. وأعتقلوا جميعاً، أفاد الزفزافي أنه تعرض للتعذيب والمعاملة القاسية واللا إنسانية والمهينة خلال هذا الإعتقال. ثم اقتادتهم الشرطة إلى مركز شرطة الحسيمة ومن ثم إلى مطار المدينة. ثم تم نقلهم بطائرة هليكوبتر، مقنعين ومقيدي الأيدي، إلى مقر المديرية العامة للأمن الوطني في الدار البيضاء.

تم احتجاز الزفزافي لدى المديرية العامة للأمن الوطني بالدار البيضاء من 29 مايو 2017 إلى 5 يونيو 2017، دون أن يتمكن من الاتصال بأي شخص من الخارج، لا عائلته ولا محاميه.

وفي 5 يونيو 2017، مثل الزفزافي أمام الوكيل العام للملك لدى محكمة الاستئناف بالدار البيضاء، الذي اتهمه بالمساس بالأمن الداخلي للدولة، وإهانة الموظفين المكلفين بإنفاذ القانون، والمشاركة في تمرد مسلح. وفي اليوم نفسه، نُقل الزفزافي إلى سجن عكاشة بالدار البيضاء، حيث وُضع في الحبس الانفرادي لمدة عام تقريباً، من سبتمبر 2017 إلى أغسطس 2018.

جرت المحاكمة الابتدائية لحراك الريف في الفترة ما بين سبتمبر 2017 ويونيو 2018، مع أكثر من 80 جلسة ضمت 54 متهماً، أمام الغرفة الجزائية بمحكمة الاستئناف بالدار البيضاء. وكان جميع المتهمين أشخاصاً شاركوا في احتجاجات حراك الريف.

وخلال المحاكمة، ادعى الزفزافي أنه أثناء احتجازه لدى الشرطة في الدار البيضاء، قام ضباط الشرطة بضربه أثناء الاحتجاز وهددوه باغتصاب والدته أمامه إذا لم يوقع على "اعتراف". وقال 50 من أصل 53 متهماً إن عناصر الشرطة في مقر الفرقة الوطنية للشرطة القضائية في الدار البيضاء ضغطوا عليهم بطريقة أو بأخرى للتوقيع على اعترافات تدينهم دون أن يتمكنوا من قراءة محتوياتها. وبالإضافة إلى ذلك، قال 21 منهم إن الشرطة هددتهم باغتصابهم أو اغتصاب زوجاتهم من البنات الصغيرات.

وفي 26 و28 يونيو 2018، أصدرت محكمة الاستئناف بالدار البيضاء أحكاماً بالسجن على المتهمين الـ 54. الحكم على الزفزافي بالسجن 20 عاماً.

في ديسمبر 2018، بدأت محاكمة الاستئناف واستمرت جلسات الاستماع أمام غرفة التحقيق بمحكمة الاستئناف بالدار البيضاء إلى 5 أبريل 2019. وتجاهلت محاكمة الاستئناف مزاعم التعذيب ولم ترفض "الاعترافات" التي يُزعم أنها انتُزعت تحت التعذيب أو غيره من ضروب المعاملة القاسية أو اللاإنسانية. 

في 6 أبريل 2019، أيدت محكمة الاستئناف بالدار البيضاء الحكم بالسجن 20 عاماً على الزفزافي.

في 11 أبريل 2019، تم نقل الزفزافي إلى سجن رأس الماء بفاس، حيث مكث حتى عام 2020. ثم تم نقله إلى سجن طنجة، حيث لا يزال معتقلاً إلى يومنا هذا.

وفي 23 يونيو 2021، أيدت محكمة التمييز حكم السجن 20 عاماً الصادر بحق الزفزافي.

في 19 يناير 2023، اعتمد البرلمان الأوروبي قراراً يدعو إلى الإفراج الفوري وغير المشروط عن ناصر الزفزافي، ويدين انتهاكات حقوق المتظاهرين السلميين ونشطاء الشتات، ويستنكر المحاكمات والإدانات المعيبة لـ 43 من متظاهري الحراك، فضلاً عن تعذيبهم في السجن.

اعتقادًا منها بأن احتجاز الزفزافي تعسفي، أرسلت منا لحقوق الإنسان، بالتعاون مع فريدم هاوس ولجنة العدالة، طلباً لإستصدار رأي إلى الفريق العامل التابع للأمم المتحدة المعني بالاحتجاز التعسفي في 23 نوفمبر 2023. ونذكر أن حرمان الزفزافي من الحرية ينبع مباشرة من حرمانه من نيل حقوقه الأساسية، ولا سيما حقوقه في حرية التعبير وتكوين الجمعيات والتجمع السلمي.