في 31 يناير 2019، ألقى جهاز الأمن والمخابرات الوطني القبض على أحمد الخير أثناء احتجاج سلمي بمدينة خَشِم القِرْبَة الواقعة في ولاية كسلا شمال شرق السودان. لم يُظهر أفراد جهاز الأمن والمخابرات أي أمر ولم يوضح أسباب الاعتقال. نقل بعد القبض عليه إلى مركز احتجاز جهاز الأمن والمخابرات الوطني في خشم القربة، وتعرض للتعذيب على أيدي أفراد جهاز الأمن والمخابرات الوطني إلى أن لقي حتفه في مقرهم في 1 فبراير.

في 7 فبراير، أعلن مدير جهاز الأمن والمخابرات الوطني خلال مؤتمر صحفي أن الخير توفي أثناء نقله في 1 فبراير من مركز احتجاز جهاز الأمن والمخابرات الوطني في خشم القربة إلى مقرهم في كسلا، وأنه وصل ميتا إلى مستشفى كسلا. تم نقل جثته إلى القضارف في 2 فبراير للتشريح. وتوصل فحص الطب الشرعي إلى كدمات على ظهره وكليتيه وخلف ساقيه.

اعترف المدعي العام، بعد إجراء تشريح ثان للجثة، بأن أحمد الخير توفي نتيجة للإصابات التي تعرض لها في أجزاء مختلفة من جسده "بأداة صلبة". لم يتم إخطار ذوي أحمد الخير بأي إجراء تم اتخاذه لملاحقة أفراد جهاز الأمن والمخابرات الوطني المسؤولين عن تعذيبه وقتله.

يدخل الاستخدام المفرط للقوة، الذي اتخذ في هذه الواقعة شكل أعمال تعذيب وسوء معاملة وأدى إلى وفاة أحمد الخير، في سياق حملة القمع العنيفة التي تمارسها السلطات في مواجهة الاحتجاجات الشعبية التي اندلعت في كل أنحاء السودان منذ منتصف ديسمبر 2018.